Abstract :
Soil fungal and bacterial communities play various roles in agroecosystems and are significantly influenced by agricultural management practices. Currently, little is known about the effects of selected cover crops on soil fungal and bacterial communities in no-till systems. In this study, eight cover crops, three mixed crops, and an unmanaged fallow control were evaluated over 2 years for their effects on the soil microbiome. Internal transcribed spacer (ITS) and 16S rRNA amplicon sequencing was performed to characterize fungal and bacterial communities in the soil during the cover crop growing season, and in the subsequent year. Fungal and bacterial alpha diversity significantly increased over time and were influenced in the subsequent growing season by choice of cover crops. Some fungal and bacterial trophic and functional groups were also affected by crop choice. Fungal pathotroph abundance was positively associated with oilseed radish, alfalfa, and phacelia, but negatively associated with sorghum-sudangrass. Beneficial symbiotrophic fungi and functional nitrification-related bacterial groups were also associated with sorghum-sudangrass and buckwheat. These findings suggest that choice of cover crops influences the soil microbial community composition and may impact plant health in the subsequent crops. Key words: cover crops, soil microbiome, amplicon sequencing, fungal trophic groups, bacteria functional groups Les communautes fongiques et bacteriennes du sol jouent divers roles dans les agroecosystemes et sont considerablement influencees par les pratiques de gestion agricole. Actuellement, on connait peu les effets de cultures de couverture selectionnees sur les communautes fongiques et bacteriennes du sol dans les systemes de semis direct. Dans cette etude, huit cultures de couverture, trois cultures mixtes et une jachere temoin non geree ont ete evaluees pendant 2 ans quant a leurs effets sur le microbiome du sol. Le sequencage des amplicons d'espaceur transcrit interne (ITS) et ARNr16S a ete effectue pour caracteriser les communautes fongiques et bacteriennes dans le sol pendant la saison de croissance des cultures de couverture, et l'annee suivante. La diversite alpha fongique et bacterienne augmentait de maniere significative au fil du temps et etait influencee au cours de la saison de croissance suivante par le choix des cultures de couverture. Certains groupes trophiques et fonctionnels fongiques et bacteriens etaient egalement affectes par le choix des cultures. L'abondance des pathotrophes fongiques etait positivement associee au radis oleagineux, a la luzerne et a la phacelie, mais negativement associee au sorgho-herbe du Soudan. Les champignons symbiotrophes benefiques et les groupes bacteriens fonctionnels lies a la nitrification etaient egalement associes au sorgho-herbe du Soudan et au sarrasin. Ces resultats suggerent que le choix des cultures de couverture influence la composition de la communaute microbienne du sol et peut avoir un impact sur la sante des plantes dans les cultures suivantes. [Traduit par la Redaction] Mots-cles : cultures de couverture, microbiome du sol, sequencage d'amplicons, groupes trophiques fongiques, groupes fonctionnels bacteriens