A metagenomic study of the bacteria in snow algae microbiomes.

Citation metadata

Date: July 2022
From: Canadian Journal of Microbiology(Vol. 68, Issue 7)
Publisher: NRC Research Press
Document Type: Report
Length: 10,147 words
Lexile Measure: 1380L

Document controls

Main content

Abstract :

The bacterial communities found in snow algae blooms have been described in terms of their 16S rRNA gene community profiles, but little information exists on their metabolic potential. Previously, we reported that several bacterial taxa are common across snow algae blooms in the southwestern mountains of the Coast Range in British Columbia, Canada. Here, we further this work by reporting a partial bacterial metagenome from the same snow algal microbiomes. Using shotgun metagenomic data, we constructed metagenomically assembled bacterial genomes (MAGs). Of the total 54 binned MAGs, 28 were bacterial and estimated to be at least 50% complete based on single copy core genes. The 28 MAGs fell into five classes: Actinomycetia, Alphaproteobacteria, Bacteroidia, Betaproteobacteria, and Gammaproteobacteria. All MAGs were assigned to a class, 27 to an order, 25 to a family, 18 to a genus, and none to species. MAGs showed the potential to support algal growth by synthesizing B-vitamins and growth hormones. There was also widespread adaptation to the low oxygen environment of biofilms, including synthesis of high-affinity terminal oxidases and anaerobic pathways for cobalamin synthesis. Also notable were the absence of [N.sub.2] fixation, and the presence of incomplete denitrification pathways suggestive of NO signalling within the microbiome. Key words: snow algae, watermelon snow, microbiome, bacteria, metagenomics Les communautes bacteriennes presentes dans les efflorescences d'algues des neiges ont ete decrites en termes de profils des genes d'ARNr 16S de la communaute, mais il existe peu d'informations sur leur potentiel metabolique. Les auteurs ont precedemment rapporte que plusieurs taxons bacteriens sont communs aux efflorescences d'algues des neiges dans les montagnes du sud-ouest de la chaine Cotiere en Colombie-Britannique, Canada. Ils poursuivent ici ce travail en rapportant un metagenome bacterien partiel de ces memes microbiomes d'algues des neiges. En utilisant des donnees de metagenomique shotgun, ils ont construit des genomes bacteriens assembles par metagenomique (MAGs). Sur les 54 MAGs regroupes, 28 etaient bacteriens et estimes complets a au moins 50 % sur la base des genes centraux a copie unique. Ces 28 MAGs se repartissent en cinq classes : Actinomycetia, Alphaproteobacteria, Bacteroidia, Betaproteobacteria et Gammaproteobacteria. Tous les MAGs ont ete assignes a une classe, 27 a un ordre, 25 a une famille, 18 a un genre, et aucun a une espece. Les MAG ont montre qu'ils pouvaient soutenir la croissance des algues en synthetisant des vitamines B et des hormones de croissance. Ils se sont egalement adaptes a l'environnement pauvre en oxygene des biofilms, notamment en synthetisant des oxydases terminales de haute affinite et des voies anaerobies pour la synthese de la cobalamine. L'absence de fixation de [N.sub.2] et la presence de voies de denitrification incompletes, qui suggerent une signalisation du NO au sein du microbiome, sont egalement remarquables. [Traduit par la Redaction] Mots-cles : algues des neiges, neige rouge, microbiome, bacteries, metagenomique

Source Citation

Source Citation   

Gale Document Number: GALE|A712300620