Abundance of integrons in halophilic bacteria.

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Authors: Sarah Sonbol and Rania Siam
Date: June 2022
From: Canadian Journal of Microbiology(Vol. 68, Issue 6)
Publisher: NRC Research Press
Document Type: Report
Length: 7,160 words
Lexile Measure: 1420L

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Abstract :

Integrons are genetic platforms used for expressing open reading frames (ORFs) arranged in gene cassettes. Excision and integration of gene cassettes are controlled by their associated integron integrase (IntI). Using IntegronFinder software, we analyzed all complete halophilic genomes available in the HaloDom database, along with selected partial halophilic genomes. We identified 18 new complete bacterial integrons and 46 clusters of attC sites lacking a neighboring integron integrase (CALINs). Different classes of insertion sequences (ISs) were also identified within and near integrons and CALINs, with an abundance of ISII82 elements and different ISs that can presumably mobilize adjacent genomic structures. Different promoters of intI genes ([P.sub.intI]) showed nearby binding sites for arginine repressor (ArgR), raising the possibility that IntI expression and recombination activity are regulated by these proteins. Our findings revealed the existence of new integrons in halophilic bacteria with possible adaptive roles. Key words: integrons, CALINs, insertion sequence, halophiles, integron integrase. Les integrons sont des plateformes genetiques utilisees pour l'expression de cadres de lecture ouverts (ORF) disposes dans des cassettes de genes. L'excision et l'integration des cassettes de genes sont controlees par une integrase d'integrons (IntI) qui leur est associee. A l'aide du logiciel IntegronFinder, les auteurs ont analyse tous les genomes halophiles complets disponibles dans la base de donnees HaloDom, ainsi que des genomes halophiles partiels selectionnes. Ils ont identifie 18 nouveaux integrons bacteriens complets et 46 CALIN (clusters of attC sites lacking neighboring integron integrases). Differentes classes de sequences d'insertion (IS) ont egalement ete identifiees a l'interieur et a proximite des integrons et des CALIN, avec une abondance d'elements IS1182 et de differentes IS qui peuvent vraisemblablement mobiliser des structures genomiques adjacentes. Differents promoteurs de genes intI ([P.sub.intI]) montraient des sites de liaison du represseur d'arginine (ArgR) a proximite, ce qui souleve la possibilite que l'expression et l'activite de recombinaison des IntI soient regulees par ces proteines. Ces resultats revelent l'existence de nouveaux integrons chez les bacteries halophiles possedant des roles adaptatifs possibles. [Traduit par la Redaction] Mots-cles : integrons, CALIN, sequence d'insertion, halophiles, integrase d'integrons.

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Gale Document Number: GALE|A706322311